メディバンペイント様に不具合を報告いたしました。
メディバンをiPadで使っている人に見てほしいです。
ファイルが破損しているというよりも不具合が発生してるみたいです。
色々試してみましたが
内部レイヤー番号のオーバーフローが原因かもしれません。
レイヤーの番号がlayer-2147483647を超えた場合に
番号の競合が発生して挙動がおかしくなるようなので
同じような状況になった方がいましたら保存は控えた方がいいと思います。
また、そのまま作業を続けるとバックアップファイルが
不具合のあるファイルで埋まってしまうのでやめた方がいいです。
それで復旧が不可能になりました。
今はメディバンペイント様の回答待ちの状態ですが
とりあえずは不具合の発生したファイルは破棄して続けていこうと思います。
幸いなことに線画と色塗りを終えたファイルは別で残していたので
思ったよりも時間はかからないかもしれません。
明日中に完成させることを目標にします。